Sin embargo, la “Lista Roja” que publica la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) alerta de que el número de especies amenazadas y extinguidas ha aumentado en los últimos años, siendo los mamíferos los más afectados. La introducción de especies foráneas por el hombre en las Islas, un fenómeno del que ya hablara Darwin hace 170 años, se encuentra entre las principales causas de este problema. La mayor parte, sobre todo las más peligrosas, como el chivo, el cerdo, el gato, la guayaba, la cascarilla o el garrapatero, son intencionales, aunque el número de especies introducidas de manera accidental, como las ratas y la mayor parte de los invertebrados, que ingresan gracias al continuo flujo de alimentos y bienes agrícolas desde el continente, es también considerable. De esta manera, muchas de estas especies se han convertido en plagas que compiten con las especies nativas, impidiendo su crecimiento o reproducción y provocando modificaciones en el comportamiento y cambios evolutivos, a veces difíciles de prever o detectar. Asimismo, la captura ilegal de algunas especies amenaza también su conservación. Por ejemplo, los tiburones, que son capturados por sus aletas para las famosas sopas, desechando además el resto del animal, o los pepinos de mar, que se venden como afrodisíaco en Asia, se encuentran en peligro de extinción.
Por ello, las iniciativas para la protección de este ecosistema son fundamentales. Las Galápagos fueron declaradas Parque Nacional en 1959, protegiendo toda la superficie terrestre del archipiélago, a excepción de la pequeña zona ocupada por asentamientos humanos. En 1978, la UNESCO incluyó a las Islas Galápagos en la lista de Patrimonio Natural de la Humanidad, y en 1985 la calificó como Reserva de la Biosfera, que amplió en 2001 para la reserva marina. En 2002, la denominada “Declaración de Galápagos”, firmada por los ministros de Ambiente y Turismo de Iberoamérica, incidía en que el desarrollo turístico de la región se realizara de manera sostenible, respetando el patrimonio cultural y las actividades tradicionales de las comunidades locales y la protección del medioambiente. Por su parte, el Servicio del Parque y la Estación Científica Charles Darwin ejecuta un programa de protección de especies nativas en peligro de extinción, que utiliza un sistema de cuarentena para las islas, reglamentado oficialmente por el Ministerio de Agricultura y Ganadería de Ecuador, y que ha servido para que los problemas que asolan a Galápagos se suavicen en cierta medida.
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